HGM&ICG

PacBioユーザミーティングに引き続き、HGM＆ICG に来て今日が最終日。明日の朝の飛行機で帰ります。
前にも書いたけど、シンガポール暑かった！
正直夏バテです。　
場所はあの、マリーナベイサンズ。3つのビルの屋上に船が載っていて、プールがあるところの、コンファレンスセンターです。とても綺麗で快適です。

初日は隣りで東京オートサロンをやっていました。AKB48が来たらしい。

でもこっちは行ってませんよ。

さて、HGM学会の方は、全体で500人くらいでしょうか？
大会場1つと、中会場3つで行われていましたが、ポスターは少し空きが目立ちました。

http://www.hgm2013-icg.org/highlights.html
ここの、左の方にある Download Programme book というところから、全体のプログラムPDFがダウンロードできます。
でも、今回のプログラムは見にくかった。　Abstをプリオーダーしたけれど、デザイン、編集がいまいちで、どの教室で何のテーマで話すのか、が、なかなかわからない。
そして重い！　

会場寒い！　クーラー効きすぎ！
文句ばかり言ってても仕方ありませんね。
ランチョンは弁当がベジタリアン、中華、ウエスタン、モスリムから選べて良かったです。
文化のるつぼ、という感じでアメリカより国際色豊かな気がします。
でもモスリムフードは辛かった！

企業展示は全部で20社くらい。　大きな会社ばかりでした。
PacBioの真ん前がSequenome社、その前がIllumina社。
Agilent社、Affymetrix社、Fluidigm社、Qiagen社、ちょうど学会中に買収・合併で話題になったThermoFisher&LifeTech社、Roche社、PerkinElmer社、Macrogen社(韓国)、Partek社、BGI、などなど。

学会の方は、意外、というかまだまだこんなもんか、というか、PacBioをメインに使った発表は、ポスターで2つだけでした。
1つは、沖縄綜合科学研究所による、様々なシーケンサーとの比較。いまOngoingの研究と、PacBioシークエンサーの優位性を示した例。
もう一つは、Mulhouse大学(仏)による、300bpのCCSを使ってWTと大腸がんセルライン由来のAPC遺伝子アンプリコンを読んで、InDelを許さない時で、検出力を0.005%まで下げても、偽陽性は0.00001以下であったことを示した例。

Mulhouse大学の例は、CCSのパスが、あまり多くても(12までがベスト)精度は良くないという結果が出たのですが、これがなぜかはわかりません。
CCSを病気のスクリーニングに用いるためには、最初に何パスのCCSが偽陽性と検出力の観点から考えてベストなのか、定める必要がありそうだなと思いました。

シンガポールの参加者と話していると、PacBioはアジアではまだ情報が不足していると実感しました。　私もたまにブースやポスター会場で、Pacの宣伝をしていたのですよ（in English だよ!）。
「データの特徴やツールについて、初めて知った」と、喜ばれました。
中国語でブログ書くひと出てこないかな？


シンガポールは楽しいところでした。　夜景が綺麗。　レストランやバーはいいところがたくさん。
そして全部英語通じる。（China Townは中国語Only、のときもあった）
街の端から端まで(頑張れば)歩いていけるくらいの大きさもいい。
また行きたいです。　9日間もいればだいぶ慣れました。