2019年6月4日火曜日

10x Genomics ユーザーグループミーティングのお知らせ 6月28日

今日はPacBio関係無いですが、
前から何回か宣伝して来た、10x Genomics ユーザーグループミーティング(東京)のお知らせです!


これ、昨年は10月に行いました。今年は早くも6月28日に東京で行います。
今年は、午前中はサンプル調整・データ解析ワークショップ、午後はお客様の発表、というようにしました。
午前中のワークショップは、基本プレゼンベースです。10xのユーザーを想定しています。10xの前提知識が無いと聞いていてもわからないだろう、と思うからです。

午後のセッションは一般の方(シングルセルに興味のある方)を対象にした、いわゆるユーザーミーティングです。もちろんユーザー以外の方でもウェルカムです。みなさんどんな研究に10xのChromiumを使っているか、興味ありますよね。

-------------------【ユーザーの演者の皆さま】-------------------

Garvan Institute of Medical Research, Laboratory Head, Dr. Alex Swarbrick 
Landscape of the Breast Cancer Microenvironment at Single-Cell Resolution

熊本大学ヒトレトロウイルス学共同研究センター, 佐藤 賢文 先生 
HTLV-1感染病態解明へ向けた感染者血液のシングルセルトランスクリプトーム解析

富山大学医学部整形外科/Duke University Orthopaedic Surgery, 箭原 康人 先生
scRNA-seqを用いたRNA velocity解析;胎児卵黄嚢 erythro-myeloid progenitor由来破骨細胞は造血幹細胞非依存的に生ずる

東京大学大学院新領域創成科学研究科,鈴木 絢子先生
scATAC-seq/scRNA-seq解析:がん細胞のトランスクリプトーム不均一性解明に向けて
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ご覧の通り、がんの微小環境、免疫、遺伝子発現、ATAC-Seqなどテーマが多彩に渡ります。また、10xからは、製品アップデート、Spatial、データビューワーの話、さらに当日データ解析ヘルプデスクも設ける予定です。

あと、今回初の試みとして、ライトニングトークセッションを行います。
これは一人5分の発表です。最大6名まで募集します。参加者枠はまだ少しあるので何か発表したい、共同研究者を探したい、という人は是非どうぞ。

ユーザー会が終わった後は情報交換会(という名の懇親会)がありますので是非どうぞ。すべて無料です。何かプレゼント的な、何かがあるかも。

10x Genomics ユーザーグループミーティングの登録はこちら

2019年4月13日土曜日

PacBioのおもひで その10

ゲノム微生物学会、だったかな? 
これは京都のISHG


そしてSequelがメインになった

RSIIでは無理だった、デモ機の展示がSequelになってできるようになりました。トミーやPacBioの展示ブースで皆さんご覧になったであろうこのディスプレイ用デモ機は、世界中を展示会から展示会へとまさに飛び回りました。私も輸出入手続きしましたので覚えています。

Sequelは、詳細は明らかにできませんが、RSIIと比べてシンプルにできています。RSは機械というより「装置」でした。Sequelになって大きなレーザーもコンパクトになった。部品もモジュール化され修理もシンプルになった。

性能は、試薬バージョンアップを重ねるにつれてリード長も伸び、セルあたりの出力本数も増えてきた。でもまだ、RSIIの性能と比べて圧倒的に良いというわけではなかった。これは、
  1. Sequelのスループットはバクテリアサイズのゲノムに使うには大きすぎる(のちにサンプルごとにバーコードをつけて複数同時に読むことで解決した)
  2. リード長を伸ばすため、シークエンス時間を伸ばしていったが、10時間、20時間と伸びていくにつれ1ランが何日にも及ぶことになった(これはジレンマだ。長いリードを得るためにはやはり長い時間が必要ということだ)
という制限があったから。
RSIIはその点、1セル1ラン6時間で簡単にバクテリアゲノムが決まる。平均リード長も10kb以上は普通に出る。Sequelがリリースされてから2年間、RSIIの試薬のバージョンアップは無かった。それでもRSIIは現役で今(2019年)でも色々な場で活躍している。


中国の大人買い

RSからRSIIの時代は、日本はアジアでトップの台数と稼働率を誇っていた。おそらく世界的に見ても、アメリカ、イギリスについで日本は3番目くらいだったと思う。ドイツ・フランスも同じくらいか。しかしSequelが出るちょっと前くらいから中国の大人買いが始まる。HiSeq X10が入ったような場所ではNGSを複数台持つことがステータスなのか、RSIIやSequelを複数台買うようになった。

うちは10台持ってます。うちは20台持ってます。なんていうのが宣伝文句になっていた。あっという間に日本は台数で負けた。数字ってわかりやすいから、論文の数では勝っていたのに、日本は中国に負けた気がした。
中国は10台買っても動いているのは数台じゃないか、と思っていたけど実際に聞いたらフル稼働していた。やっぱり中国は本気出すと凄いな、と感じた瞬間だった。

お隣、韓国もすごかった。1箇所で数台持って、韓国人リファレンスゲノムをあっという間に完成させた。国のイニシアティブも強かったのだろう。この頃から、日本はゲノムの分野で中国、韓国に大幅に遅れを取るようになったと思う。



2019年4月12日金曜日

PacBioのおもひで その9

Sequel登場の衝撃

今でもはっきり覚えています。あの日のことを。
前日は八王子で行われた「ゲノム微生物学会若手の会」でRSIIのプレゼンをしてました。そして翌朝、何気無くウェブサイトを見たら大きく変わっていてびっくり!
ハッキングされているのかと思いましたよ(笑)

新製品:Sequel PacBioのウェブサイトより
Sequelって名前もややこしいですが、要するに極秘で開発が進められていた新製品の登場でした。(Sequelとは続編という意味があります。なので最初、仮名かと思った)
ウェブ会議で色々本社と話し合い、今後の作戦を立てました。その辺はどんな会社でも同じだと思います。お客さんからの問い合わせに答えました。

しかし、メーカーが新製品を出した以上、売らねばならないのが代理店の宿命。早速、この製品をどうやって売っていくかの作戦会議です。といってもこの製品がどんなものなのか、カタログスペックしかわからない。RSIIと比べて小さくなったとはいえ、まだ結構でかい。窒素ガスも使います。300キロ以上あります。うーむ

でもこれがロッシュとの共同開発で作られたのは明らかでした。GenomeWebなどのネットでそう公開されていましたので。それによるとロッシュは診断目的用のSequelを売り、PacBioはそれ以外の用途に使うSequelを売る、と。

肝心の性能はというと、
SequelのチップはRSIIより7倍スループットが多い、はずでした。

はずでした。
NGSの装置をお持ちの方は想像がつくと思いますが、リリース直後の機械というのは、まあ、アメリカンなんです。
こう言えば何となくわかってもらえるかな。

このSequelのリリースがあって、会社のブランドイメージも大きく変わりました。ウェブサイトがかっこ良くなりすぎてどこに行けば必要情報が取れるのかわからなくなった!笑
プレゼンのPPTフォーマットも変わった。会社のロゴも変わった。
Pacific BiosciencesからPACBIOに名前も変わった。
でも、中の人は変わらなかった。

みんなエキサイトしていました



2019年4月10日水曜日

PacBioのおもひで その8

PacBioブースは使い回しができるアレが便利

PacBio事業部を始めて1年目にブースキットを作りました。といっても最初はシンガポールで作ってもらったのを買ったのですが。4年目くらいには自分たちで、グラフィクスを印刷することにしました。これの良いところは、骨組みはそのまま、前面のデザインを変えて印刷したら、マグネットでくっつけるので何度も繰り返して使えるんです。
一番最初に買ったブースキット
まだRSだ!
確か、25万円くらいだったと記憶しています。高いなー、って思ったけれど何回もあちこちで使いましたからね。そう思ったら安いかな。

学会展示会などでブースを出しますよね。あれ、1コマの横の長さがだいたい180cm〜200cmくらいなんです。が、このPacBioブースは幅3m以上あるんです。だから必然的に2コマ必要になる! 2コマ分の場所代が必要なんですよね。学会によって色々ですが、2コマスペースを買うと安いところでも30万円、高いところで60万円くらいの場所代がかかります。

会社によっては特注でブースを作る会社がありますよね。一回使い切りのブースです。すごく綺麗でインパクトあるんですが場所代プラス100万単位のお金がかかります。そういうのを知ってしまうと、BioJapanなどの展示会場で各社のブースを見たとき、これは○万円くらいかかったな、これは新しいディスプレイだな、とかそういう目でつい見てしまいます。

この持ち運びできるブースキットは、後ろのグラフィック部分はいくつもの部分に分かれていて、磁石で固定されています。終わったら外して巻き取ることができ、骨組みは小さく折りたためます。受付台はテーブルのところを外すと下がスーツケースになって、全ての部品を収納できるようになっています。便利便利!

これをユーザーミーティングでも使ったり、各学会でも使ったり、大変だったけれど楽しかったですねえ。

1回だけ、学会の空気を読まないでちょっと失敗したこともありました。
5年くらい前かな、新宿で行なった日本人類遺伝学会、ちょうど時期が10月末だったので、ハロウィーンのデコレーションしたんです。クモの巣とかつけて。オフィスにあったやつを代用したんですが、人類遺伝学会にはちょっとアレだった。



2019年4月9日火曜日

PacBioのおもひで その7

PacBio現場の会

「NGS現場の会」を文字って「PacBio現場の会」っていう名前のユーザーミーティングを何度か開催しました。冗談半分で「現場の会」っていうネーミングにしたのですが意外と受けましたね。できるだけユーザー間の距離を縮めたかったので、フレンドリーにやりました。今思えば、他の会社のユーザーミーティングってもっとちゃんとしているんですね。普通、集合写真撮らないよ、って初めて知った。

懇親会をするかどうか、というのは結構社内で揉めるテーマです。会場の隣に場所をとって軽食を用意すると、一人4000円としても50人規模で20万円。場所代入れたらもっとするかな。結構な出費です。
レストラン貸切の方が安い時もあるけど、場所が遠かったりするとあまり来ないでしょ。基本お客さんからお金取らないから人数が読めない。これもノウハウ必要ですね。

秋葉原のUDXは毎回会場として使いました。交通の便が良い!そして綺麗!
UDX–Nextのほうが若干広い

イベントを開催するっていうのは下準備がほんと必要で、Pac事業部のみんなで頑張りました。通常業務プラス、だから結構大変なんですよね。

それともうひとつ、開催する側には演者の先生に渡す謝礼金はいくらが相場なのか問題があります!
これみなさん、知りたくないですか? あの先生いくらもらったのかな?って。 

ここで金額を暴露するとあとあと炎上しそうなので具体的には言いませんが、いくつか重要なファクターがあります。
  1. 謝金NGのところがある:大学(国公立、私立)、国立研究所、企業、によって決まりは様々です。「うちは規則があり、謝礼金は頂くことはできません。でも発表は喜んでご協力致します。」と格好良く謝礼金を断ってくれる先生もいます。神に見える瞬間です
  2. 謝金NGでも交通費ならOKのところもある:謝金はいりませんと言われても「そうですか。ありがとうございます」と簡単に引き下がるのはビジネスパーソンとして宜しくありません。「では交通費だけでも」と食い込みましょう。これが一応の礼儀です。中にはそれもNGの人がいますが、「交通費ということでしたら・・・」というひともいます。そういう場合は領収書をもらい後で実費清算します
  3. 謝金には税金がかかる:受け取る先生側には確か10%くらいの税金がかかるので、少なくなるのを嫌がる先生のために支払う金額を税金分ちょっと多めにすることがあります。端数を嫌がる文化・慣習のようなものです。こうすると貰う側としては嬉しいと思いますよ
  4. 謝金を払うには相手のマイナンバーが必要:税金がかかるということは、マイナンバーが必要ということです。何万円以上からという条件はあったはずです。3万円だったかな? でもこんな超個人情報を受け取るのはやっぱり気が引けます。社内の経理の人にやってもらいましょう。謝礼金の受け渡しは銀行振込です。なので先生の銀行口座も教えてもらわないといけません。
  5. 遠方の先生を呼ぶ時は新幹線代(飛行機代)も出すこともある:これは厳密にいうと謝礼金とは違います。交通費ですので実費清算可能です。シーズンにもよりますが飛行機は結構高い時もありますよね。新幹線なら普通席で往復3−4万円くらいかな。他に予定を合わせるから片道だけで良い、って言ってくれた先生もいました。こういう時も神に見えます
  6. 宿泊代も出すこともある:これも本当は謝礼金とは違います。我々のためにわざわざ都内まで出てきてくれた先生に、さすがに自腹で泊まって貰うのも失礼なので、1泊分、ダイワロイネットくらいのレベルのホテルを用意することもあります。先生にとって別に支払われるのが面倒な場合、謝金に宿泊代を含めてまとめて払う場合も多いです。その場合、謝金(宿泊代込み)みたいに書きます。前出の交通費も、謝金含めて一度に支払うことも、ままあります。これは大学の事務がOKならできるでしょう。
  7. ランクをつけた方が良い:嫌らしく聞こえるかもしれませんが、もらう側の先生が教授なのか助教なのかで金額に差をつけないといけません。いわゆる忖度です。あとポスドクや学生さんに演者を頼む場合には、経験上、謝礼無しの前提で話したほうが良いと思います。そういう場合は、交通費+宿泊を負担してあげます
  8. ちょっとでもあげたほうが良いかなぁ:個人的には、謝礼金ってありがとうの感謝の気持ちの表明なので金額は関係ない、と思います。会社的には今後も付き合いのある先生なので感謝の気持ちでお金をお渡しするのだと思います。とは言っても、バブリーな会社は今時そう無いので、金額はあまり期待しないでくださいね。
とまあ、なんだかPacBioと関係無いことを長々と書いてしまいましたね。外資系の会社は謝礼金を出さない習慣もあります。その代わり、交通費とホテル代は出すことが多いです。これは謝礼金ではありません。会社によって様々ですが、日本に代理店がある場合は、代理店が謝礼金を出すことが多いです。ここは現場の代理店の判断にお任せするということです。

では、海外の演者を招待した場合はどうでしょう? 多分、飲食で既にもてなしていると思うので謝礼金はいらないと思います。ホテル代と飛行機代でOKでしょう。

間違えないように言っておくと
謝礼金は賄賂ではありません
ですので皆さん、もらって良いです
金額も今の時代、そんなにいきません。交通費、宿泊費などを差し引いて純粋に残る金額としたら、そうですね、ちょっと良いところに4人で飲みに行って十分楽しめるくらいでしょうかね。「良いところ」の定義ですか? うーん、魚金かな(笑)

2019年4月7日日曜日

PacBioのおもひで その6


ロッシュの資金が入り社内みんな驚く

PacBioがイケイケのそんな中、突然ロッシュがPacBioに資金を提供して新型装置を共同開発する、というアナウンスがあります。最初は、これはPacBioをロッシュが買収する準備か?と言う噂が流れまして、どこに行っても聞かれました。正直私も半分そう思っていました。というのも、そのアナウンスの数ヶ月前に、ロッシュがイルミナを買収しようとしたニュースが駆け巡ったからです。イルミナは何とか逃れました。でもロッシュが本気になればPacBioを買収することもあり得るな、と感じていました。なんとなーくソワソワした嫌な気分でした。

でも結局買収というわけでは無く、ロッシュはロングリードを使った診断目的な機械を作る。そのためにPacBioに資金を入れて一緒に開発する、という公式アナウンス通りのことだったことがはっきりします。良かった良かった。
でも当時、このマシンを診断目的に使うなんて、到底信じられませんでした。私だけじゃなくても誰も信じていなかったと思います。

というのも、RSIIが極めて複雑で、デカくて、医者が使うには現実的では無かったから。診断の現場ではもっと簡単で、どんなレベルの人が操作してもそこそこ同じクオリティのデータが出るような、もっとシンプルな、そして小さいサイズのものが必要だろうから。

でもこの資金調達のニュースがあって、株価はぐんと上がりました。株価って、世間の期待値が高いと上がるものなんですよね。

そのあとPacBioの本社に行ったら、社員はふつーに仕事していました。メンローパークは平和でした。
すぐ近くのFacebook本社が社屋を拡張している最中で、PacBioもいずれ引っ越すことになると言われました。ザッカーバーグの会社は今や、あたり一帯を街ごと買い取る規模になっていました。新しくできた道路はFacebook Rdとなっていました。

わかると思いますがこれは合成です(笑)

2019年4月6日土曜日

PacBioとのおもひで その5

RSIIアップグレード

NGSに限らず、このような最新装置はアップグレードがあります。試薬やチップも新しいものが常に開発されています。

RSはRSIIになり、それまで一度に読めるウェルの数が倍に(15万に)なり、スループットが2倍になりました。これを機に、アセンブリもPacBioのデータだけで補正するHGAPが開発され、バクテリアサイズのゲノムであれば1セルでコンプリートできるようになります。論文も増えてきてそれによって興味を持つ人も増えて、かつ受託会社さんも導入したおかげで機械が無くても気軽に読むことができるようになりました。
その結果、ユーザーがどんどん増えて、学会などで発表される研究者も増えてきて、それを聞いた他の研究者が自分たちもやってみたくなる。良いサイクルが生まれたわけです。

ちなみにRSからRSIIになった時、読めるウェルの数が倍になったのは光学機器のアップグレードがあった訳ですが、当然ベースコール用の計算機(Blade Center)のアップグレードもありました。さらに細かいところでは装置右側にあった小さな扉が無くなりました。

この扉、中に水が入ったボトルを入れるようになっています。湿度を調整するためだったと思います。で、この扉が開くときに「プシュー」っというカッコいい音がするんです。SF映画・スタートレック(スターウォーズだったかな)に出てくる宇宙船のドアが開くときの音に似せたのです。
私もすごくこの遊び感ある音が気に入っていたのですが、色々あって湿度調整をボトルに頼らない方法に改良されて、RSIIではドア無しモデルになりました。もともとあったRSモデルもRSIIにアップグレードする時にドアは開かなくされました。
RS初期モデル:向かって右側、Waterと書いてあるところに開く音がSF的なドアがあった

基本的には光学系の部品の交換とソフトウェアのバージョンアップのおかげで大量のロングリードを出力することができるようになったのです

RSIIはこの後、バクテリアゲノムを中心として様々なゲノム解析に威力を発揮していきます。ゲノムアセンブリといえばPacBio RSII と言われていくのです。この時期の盛り上がりはすごかった。