世界三大穀物といえば、コムギ、コメ、そしてトウモロコシですが、
このうち、一番生産量が多いのはどれ？
正解はトウモロコシ
アメリカ農務省のレポート「World Agricultural Supply and Demand Estimates 2017年6月版」によると、2015/2016年確定値では全世界の生産量は、
コムギが 7億3700万トン
コメが 4億7200万トン
トウモロコシはなんと、9億6800万トン（2016/2017年推定値は10億6700万トン！）で断トツ1位。
うちアメリカは3億4600万トンを生産し世界一。
そのほとんどを国内で消費し、4800万トンを輸出しているらしい。
輸出量もアメリカが世界一（2016/2017年推定値は5600万トンだそうです）。
余談ですがこの報告書は、世界最大の農業大国アメリカが、世界の主要農産物についてまとめた統計報告みたいです。私も検索していて見つけたのですが、非常に細かくて驚きました。
もう一つ、日本語のサイトとしては、農畜産業振興機構の海外現地報告がとても情報量豊富です。
トウモロコシではここの「米国におけるトウモロコシ生産の現状」が読んでいて面白かった。
アメリカ国内で、トウモロコシはそれまで飼料用途が一番多かったが、2005年ごろからバイオエタノール用途が急増（法律で一定以上のバイオエタノールを販売することを石油販売業者に義務つけられたため）、今は飼料用とエタノール用が同じくらいらしい。
後はスターチ、食用ですね。でもこれらはほんのわずか（10%未満）。
前置きが長くなりましたが、トウモロコシゲノムが新たに解読され、前のリファレンスよりかなり改善されたバージョン4が、Natureに発表されました。
これはもちろん、PacBioを使って読んでアセンブリした素晴らしい成功例です。
RSIIのときの仕事です。
B73系統のゲノムDNAは15kb～40kbにシェアリングされ、20kbプロトコルでライブラリ作製。
試薬はP6C4を使用し、6時間Movieでシークエンス。
65カバレッジ分のデータを得て、FalconとPBcR＋MHAPのアセンブラーでパラメータを変えながらいくつかアセンブルをしている。
得たコンティグは、Irys(BioNano)のオプティカルマッピングデータに合わせて、スキャフォルディング。
さらにBACデータも使用してPseudomoleculeを作っている
出来たScaffoldのギャップは、もちろんPacBioのロングリードでできるだけ埋めている（PBJelly）。
この仕事の凄いのは、コンティグN50をこれまでの52倍長くしてメガベースにしたのもさることながら、連続配列として、トータル1.2Gbのレトロトランスポゾンの存在を明らかにしたこと。
その約半数は、他のトランスポゾンの中に挿入された「入れ子」状であったという。
これは私の想像ですが、トランスポゾンって、案外ランダムに入るわけでは無いのかもしれませんね。
一度入ったトランスポゾンの中にわざわざ入り込んで、その働きを邪魔するトランスポゾンがあったりして。
何のためか、はわかりませんよ。
ただひとつ、このゲノムプロジェクトで残念なのは、DovetailのChicagoやHi-Cを使っていないこと。
これらを使えばもっと早く結果が出ていたかもしれないし、宣伝に使えたのに（はい、私の都合です）。
この仕事、論文になる前にPacBioとBioNanoのケーススタディとして昨年公開しています。
こちらからダウンロードできるので是非どうぞ。
