PacBio スライドショー ASHGとUGM、最近のCSHL

人間の体温は普段と１，２度変わっただけで、体調がすごく悪くなるんですね。
先日、熱出しました。（前回はシンガポール帰国直後）
PacBioのシークエンサーも、内部の温度を常に監視していて、ちょっと異常があると警告メッセージを出すんですが、人間の体も具合が悪くなる前に軽い警告サインを出して欲しい。
もしかしたら警告を出しているのに、偶然その時、お酒を飲んだりしていて、警告を無視しているのかもしれませんね。
とまあ、言い訳ですが。

最近、PacBio社が学会やセミナーのスライドショーを立て続けに公開しているので、これは是非皆さんに紹介したいと思いました。興味のある方はご覧ください。

9月、PacBioユーザーグループミーティング（UGM）
10月、アメリカ人類遺伝学会（ASHG）
11月、Cold Spring Harbor Laboratory, Genome Informatics（CSHL）
での発表スライドです。
UGMは、一部、非公開のスライドもあります。これは仕方ない。

まずはUGM　こちらは以前ブログでも紹介しましたがようやく、PacBioのブログでも、その様子が公開されました。

小さな英語文字で少し見づらいかもしれませんが、ところどころに青色でリンクがあり、そこからプレゼンの資料がダウンロードできます。
個人的にはRNA-Seqが好きです。全長cDNAシークエンスというもので、これは最近PacBioが力をいれており、間違いなく来年、大きなブレークスルーがあると思います。
バクテリアデノボアセンブリのHGAPのように。

続いてASHG　
PacBioのワークショップがありました。そのスピーカーのビデオが公開されています。

• Characterizing Structural Variation in the Human Genome using Long Read SMRT Sequencing
• Hosted by Jonas Korlach, Ph.D., Pacific Biosciences
• Resolving Complex Regions of Genomes using Long-read Sequencing Technology
• Evan Eichler, Ph.D., University of Washington
• Highlighting Unexplored Genomic Regions with SMRT Sequencing
• Ali Bashir, Ph.D.,  Mt. Sinai School of Medicine
• Targeting Complex Structural Motifs in Genes And Haplotypes with Long-Read SMRT Sequencing
• Swati Ranade, Ph.D., Pacific Biosciences

人類遺伝学会ですので、テーマもヒトへの応用なので、普段デノボアセンブリの話ばかりで飽きてきたひとにはもってこいでしょう。
ちなみに2番目のスピーカー（Dr. Eicher）は、Pacで10X ヒトゲノム読んで公開した方です。

最後にCSHL Genome Informatics
これは私は参加していないので実際聞いていないのですが、HGAPの開発者、Jason ChinによるDiploid Assemblyの発表です。

今のアセンブラーでは二倍体に対応していません。PacBioのロングリードをもってしても、現在のCelera Assemblerは二倍体を考慮したアセンブリはできないので、PacBioではそれに代わるアルゴリズムの開発をしています。
インフォマティシャンなら要チェック！　来年くらいに論文になるでしょうか。
これも間違いなく来年の大きなブレークスルーになるでしょう。
その前に本人からこのプレゼン内容を聞いておきます。