NextSeq500

「Sochi 2014」　ソチオリンピックで行われていた、日本対ロシアの女子カーリングの試合に見入ってしまいました。
カーリングって結構長丁場です。　氷上のチェスと言われるように、静かな知的スポーツです。
やったことは無いですが、昔、カナダに留学していた頃、良くアマチュアHockeyを見に行ってました。　そのメイン会場の隣、サブ会場で熱く繰り広げられていたのが、Curｌingでした。
それまでCurlingは、おじさんおばさんのスポーツ、っていう偏見を持っていたのですが、とんでもない！　きれいなお姉さんが真剣な顔してストーンを滑らせている姿は、思わず見入ってしまいました。
「見るとこ違うだろ！ストーンを見ろ！」という声が聞こえてきそうなので個人的なことはこれくらいにして、今日も某社の新型シークエンサーの話です。


イルミナ社の新型シークエンサー、NextSeq 500が日本でもお披露目されています。
HiSeqとMySeqの中間機種、「初めてのハイスループットデスクトップ型シーケンサー」（イルミナ社）ということらしいです。

デスクトップということで、横幅・奥行はMiSeqとほぼ同じ、高さはNextSeq500の方が高い。
以下の写真は、私の友達の友達（ほとんど他人？）がつくっているサイト（AllSeq）から拝借しました。

先ずはデザイン。　光沢感のある黒をベースにまとめていますね。
MiSeq Dxから、黒系にシフトしたのかな。　前は白が多かった気がします。
シークエンサーという感じがしないです。　私だけ？

そういえばシークエンサーって、黒＋白の組み合わせが多いですね。　個人的には真っ赤なシークエンサーも良いと思うんですが。


続いてフローセル

でかい！　超でかい！！
iPad mini か、ってくらいでかい！
ちなみに左がHiSeq2500のラピッドモードフローセル、右がMiSeqのフローセル
この特大NextSeq500フローセルは、4レーンあるように見えますが、実はつながっていて、実質1レーンだそうです。
複数サンプル流すには、バーコードが必要ということか。


こちらのブログ曰く、スループットで言ったらHiSeq2500の方が断然買いだそうです。
HiSeq2500がアップグレード後のスループット1000Gbで、NextSeq500が120Gb
スループットで言えばHiSeq2500の8分の1です。
NextSeq500は1人分のヒトゲノムを40xで読むことができる。しかし今の時代、誰がヒトゲノムを1検体ずつ読むのか？と言っています（さすがアメリカ人のブログ）。
1ランに29時間かかる。　コンスタントに流すにはスケジュールをちゃんと組まなきゃいけませんね。

HiSeq2500なら、アップグレード後なら、8検体ヒトゲノム40xを、6日で一気に読めるそうです。
また、アップグレード前でも、8レーン使えるハイスループットモードと、2レーン使えるラピッドモードがあり、2つのフローセルをそれぞれ別々のモードを設定できるらしいので組み合わせはたくさん。
というわけでHiSeq2500の方が、ミドルクラスからハイクラスまで使い勝手が広い、と言っています。

NextSeq500の特徴は、2つの蛍光を使って4塩基を検出するということ。
これにより光学系を節約しているとか。
2つの蛍光で4塩基を検出というのは、レッドでCを、グリーンでTを、その両方の蛍光でAを、蛍光無しのときGを検出するということらしいです。
ん？蛍光無しのときG？　

まだ実際のデータがたくさん出て来ていませんが、何らかのエラーバイアスがありそうな気もします。
とはいえ、デスクトップ型で、このスループットを出してきたのはすごい。
将来が楽しみです。