HiSeq X Ten がんばる

以前、私のブログにも登場した、HiSeq X Ten
最初は何て読むのかなと思っていましたが、ハイセック・テンでいいみたいです。
ヒトゲノムリシークエンスに特化したHiSeqを、10台でセットにしたシステムです。

今、どこに入っているのかなーとウェブで調べてみたら、このサイトにまとまっていました。

• Broad Institute (Cambridge, MA, USA)
• deCODE Genetics (Reykjavik, Iceland)
• Garvan Research Foundation (Sydney, Australia)
• Human Longevity, Inc. (San Diego, CA)
• MACROGEN (Seoul, South Korea)
• New York Genome Center (New York, NY, USA)
• Novogene (Beijing, Chaina)
• Sanger Institute (Hinxton, UK)
• WuXi Pharma Tech (Shanghai, China)

なんともう9システムも！

中国は2箇所で導入していますね。どちらも企業というのが驚きです。

韓国も企業です。

オーストラリアのGarvan研究所は、1週間に350ゲノム、年に18,000ゲノムを読むことができる、と書いています。

実際、10台のHiSeqXから出力されるデータは3日間で1.8Tb

１日で30カバレッジのヒトゲノム解析を可能にしたと、イルミナ社のドキュメントには書いてあります。

どんなところが買うのかなーと注目していたのですが、やはり大きな研究所は買っていますね。

Human Longevity, Incという会社は、あのDr. Craig Venterが共同設立者で、ヒトゲノムを年間10万人分読むという計画の下、HiSeq X Tenシステムを2システム、導入するそうです。

このシステムの特徴は、ヒトゲノム専用機械だということ。

ヒト以外のいろんな生物のゲノムアセンブリや、ヒトでもExomeやRNA-Seqなどには使用出来無いという制限があるそうです。

さて、次にこのシステムを買う研究所は、中東、カタールのSidra Medical and Research Centerです。

アラブ人のヒトゲノムデータベースをそろえるのでしょうか。

世界各地で今やホールゲノムシークエンスブームですね。

そんな中、「1000ドルゲノムが可能に！」　というキャッチフレーズは、個人的には嫌いです。

先のドキュメントには、「システム償却費、シーケンス消耗品、DNA抽出、サンプル調整、そして典型的なハイスループットゲノムラボにおける人件費（予測）を含めて１０００ドルゲノムを可能にしました」

とあるんですが、「償却期間および人件費は機関の会計基準およびリソースによって異なります」

とも書いてある。

恐らく、国内営業的には、日本の会計基準に合わせ、日本の試薬コストや人件費を考慮して、プレゼンをしているのでしょう。

そうすると余計、1000ドルゲノムを達成するには、十数億円の投資を考えると、フルに動かしても４、５年はかかるのでしょうか？

アメリカでの試算がここにあります。

これによると1000ドルゲノムを達成するには4年間で72,000サンプルをフルに読む必要がある。

72Mドル・・・・・

システムが10Mドルとすると、ランニングコストが67Mドル

そこに人件費、光熱費、試薬代、すべてが含まれます。

ここで言う1000ドルゲノムには、データストレージ、解析サーバ類は含まれません。

結構なデータ量になりますよね。

何かこう、最近の「1000ドルゲノム」とは、言葉遊び、数字のトリック、が氾濫している気がするんです。

もっと良い指標は無いものか、と思うしだいです。