いまさらですが、復習 PacBioの特長とは？

梅雨が明けたら猛暑
そんな時は、アイスです！
私がジャイアントコーンの次に好きなアイスは雪見だいふくなんですが、これのレシピが公開されているんです！
ここ
早速作ってみよう！　と思ったけれども、もちが無い。　
近所のCoopにも、無い。
イオンまで行くのは面倒だな、と思っていたら余計食べたくなったので、さっきコンビニで買ってきてしまいました。　雪見だいふくを。　いったい俺は何をしているのか。
・・・　ぜんぶ雪のせいだ　（若干古い）


さて、突然ですが、PacBioシークエンスの特長といえば何でしょう？

横幅2mとか、重さ1トンあるとか、高純度の窒素ガス使うとか、そのあたりは見た目ですね。

DNA合成をリアルタイムで観察できるとか、増幅無しで一分子で読むとか、C3とかのケミストリーを思いつきますか？

それとも、直径50nmの超小型ウェル・ZMWや、15万のウェルにピンポイントでレーザーを照射する、光学機械系を思い浮かべますか？

解析サイドからいうと、以下の3つが大きいと思います。

1. どのゲノムもほぼまんべん無く読めること　（読めない配列、というのが（多分）無い）
2. エラーがランダムに入るのでコンセンサスの精度が極めて高いこと
3. どのシークエンサーよりも長く読めること　

1は、良く言われる、GCバイアスが無い、ということと同意義です。
（GGC）n の連続配列も問題なく読めます。
読み取る直前に増幅しないので、テンプレート通りに読み進むことができます。
（多分）と書いたのは、理論上は読めない配列は無い、と思うけれど、実際リード長を超える長さのリピートがあった場合、それを確かめる方法が無いから。

何を言っているかというとですね、何でも良いのですがリピートが100kb連続していたとします。
PacBioは最高でも30kbくらいですから、100kbのうちのどこか、本当は読めていない配列があったとしてもわからない、確かめようがないからです。

営業的には、「読めない配列は無い！」と言い切りたいのですが、そう言うと、上記のような突っ込みが入るかもしれないので、最初から断っておきました。

２は、これも、理論的にはランダムにエラーが入ると言われています。
しかーし、
ユーザからは、「ランダムではないよ」、という声も実はあったりする。
まだ、ポスターや論文になっていないので詳しくはNGですが、もしそうなら、インパクトあるかもしれませんね。
でも、そのような発表があるまでは、「エラーはランダムです！」　ということに。

ランダムエラーだから、カバレッジを重ねたときのコンセンサス精度は99.999%に達する。
たいていのバクテリアゲノムアセンブリで、これくらいの精度にはなると思います。

３は今さら言うまでも無いですね。
平均リード長　8,500bp
N50リード長　10,000bp超
最長　30,000bpくらい

です。

これだけ長ければ、リボソームリピートやトランスポゾンをまたぐことは普通ですよ。



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時代はバクテリアのその先へ！
ということなのでしょうかね。
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