東京農大で開催された、2014年度拠点セミナー「NGSデータを用いた非モデル生物のゲノム・トランスクリプトーム解析」に参加してきました。
3人の演者の方のうち、2人はPacBioの大ファン！
昨年の「PacBio現場の会」でもお話頂いた、マスター・オブ・デノボの笠原先生
アズキで世界の食糧難に挑戦する、セクシー研究者の内藤先生
お二人とも「PacBioは素晴らしい！」「I社のシークエンサーで読んだ後も、もう一度Pacで読み直そうと思っている」
などなど
会場にいたPacBioの回し者である私は思わず、謝礼を渡したい気持ちになってしまいました。
ありがとうの気持ちはプライスレス
さて、PacBioの2015年の、公式ロードマップが出されました。
全文はここから
スループットについては、
SMRT Cellあたり4Gb、平均リード長15-20kb、ポアソン分布以上のロード率
を達成させます！
we expect to deliver another ~4-fold increase in throughput,
reaching >4 Gb of data per SMRT Cell run, with average read lengths
increasing to 15-20 kb. We plan to accomplish this through a combination of
improvements in the sequencing chemistry, protocol workflows, and software. An
example is active loading to increase the efficiency of loading one polymerase
per ZMW at frequencies greater than the Poisson limit.
ポアソン分布以上のロード率というのは、これまでは15万のZMWから30％～40％程度のデータしか出てきませんでしたが、これを60％、それ以上に上げるというものです。
濃度を上げてロード率を高めるのではなく、濃度はそのままにリード数を高めるというもの。
どうやるの？
気になりますよね？
これはまだ「Confidential」が取れていないはずなので、もう少々お待ち下さい。
2月下旬の、AGBT学会に行くかた、PacBioはゴールドスポンサーですので、ワークショップを是非のぞいてきてください。 私は行かないんで。
後で聞かせてください！
そのワークショップで、PacBioだけでヒトゲノムを読んだ、2つのプロジェクトの成果が発表されます！
これまでに無い、素晴らしい結果。
PacBioのデータだけで、しかもデノボだと聞いています。リファレンスガイドのアセンブリではない。
２つのうちひとつは、韓国から。
韓国では、韓国人のリファレンスゲノムを作ろうというプロジェクトが一昨年からありました。
そんな中、どうしてもPacBioが必要だ、ということになったわけです。
彼らとは昨年のASHGで偶然会って、意気込みがすごかったのを覚えています。
どんな結果を発表するのか、気になりますね。
もうひとつはアメリカから。
誰でも知っている、ある有名な科学者の全ゲノムを、PacBioで読んだそうです。
そしてこれまでに得たことが無いくらい長いContig N50を達成したそうです。
驚かすために、誰のゲノムかは秘密。
でも何となく、予想はつきますよねえ。
ビッグ・サイエンティストといえば・・・
1. ジェームズ・ワトソン？
2. グレイグ・ベンター？
DNAが分解していなければ、故人というのもありえる
3. アルバート・アインシュタイン？
誰でしょうね。でもこれがNCBIに載るということは・・・
