Fragile X Testingとメチレーションの関係

熊本地震の募金しました。
ボランティアとかに行けないひとは、募金が一番の貢献でしょうね。
大きな災害があるたびに、ひとびとの結束が強まる、そんなふうに感じます。
企業がよくやる、「お見舞い申し上げます」、なんていう言葉は空虚に聞こえる。
それより、「売上の何％を募金します」、って言うほうがずっといい。
個人レベルでも、やっぱり、募金が一番なのかな。


さて、話題は昨日のGenome Webです。

Fragile X Testing May Benefit From Direct Sequencing, Methylation Analysis

有料記事なので、内容をざっくり書きます。
UC Davisの Dr. Paul Hagerman のインタビュー記事です。
すみません、私は医師では無いので、以下の情報が間違っていたら教えてください。

Fragile X というのは前にもこのブログで何度か登場しました。

Fragile Xシンドロームという遺伝性の病気の発症は、X染色体のFMR1という遺伝子の5’UTRにある、CGGのリピートの数と関係があることがわかっています。
健常人は55未満のCGGリピート、病気のかたは200以上のCGGリピートがあるそうです。
55～200のCGGリピートを持つひとは、FXTASという神経変性疾患のリスクを持つそうです。

で、CGGが多いと、それだけメチレーションされやすく、FMR1のプロモーターが同時にメチレーションされることで、FMR1遺伝子がシャットダウンされて、発現されなくなる。
FMR1遺伝子が発現しているのが健常人、抑制されているのが患者さん、だそうです。
逆と間違えやすいので注意です！

現在、Fragile X シンドロームの診断は、PCRでCGGリピートの長さをみて、制限酵素でメチレーションを見ているそうですが、問題は、このFMR1のローカスは非常にPolymorphicだということ。多型性とメチレーションパターンのバリエーションが多い。
1人の患者さんでも、30から40のアレルがあって、リピートの数もばらばらだそうです。

そこでPacBioのロングリードの登場！
CGGのリピートを読めて、同時にメチレーションも解析できる。

でも、PCRで増やすことは現実的ではない。
そもそもCGGの連続をPCR増幅できるか、ということと、PCR増幅したらメチレーション解析できないからです。

そこで、制限酵素を使った、ゲノムの特定の箇所をエンリッチメントする技術を開発しました。
私はまだ読んでいませんが論文はこちらです。

クリニカルの現場で使えるようになるのはまだ先かもしれませんが、Fragile X のケーススタディは、PacBioの一分子リアルタイムシークエンスならではの使い方ですね。

Dr. Hagerman はASHGでも毎回プレゼンしていました。
研究結果がどんどん進化しているのが毎年楽しみです。

さて、メディカル系の話題として最後に、Webセミナーのお知らせ。
録画もされるので参加できないひとはあとでビデオリンクもこのブログでお知らせします。
参加はこちらから