SMRT Link 4.0公開

PacBioの解析ソフトウェアといえばSMRT Analysisですが、これは基本無料のソフトウェアです。
「基本」というのは、ダウンロードして使うのはご自由にどうぞ、という意味です。
ただ、使い方やサポートとなると、PacBioの装置を持っているかたはもちろん優先して行いますが、そうでない方は後で・・・ということになってしまいますことはご理解ください。
その代わり、GitHubや、ダウンロード資料、無料の解析ワークショップなどは、定期的にアップデートしていますのでそちらをご覧ください。

と、言い訳っぽいことを書きましたが、正直、無料のソフトなので。

さて、Sequel用にはSMRT Linkというパッケージソフトが用意されています。
その中にはもちろん、Sequelデータの解析ソフト、SMRT Analysisが含まれています。
Sequel用のSMRT Linkは2017年4月現在、バージョン4.0で、ここからダウンロードできるようになりました。

チュートリアルなどのビデオやインストール資料も、少しずつですが充実してきています。

と、いうことですが、まだSMRT Linkはインストールにハードルが高いかもしれません。
サーバのスペックはかなりのものを要求します。
推奨は、ジョブエンジンで動くクラスターサーバです。
例えば、ヘッドノードは64Gbメモリ、32コアCPU、計算ノードは256Gbメモリ、1Tbのローカルディスク容量、これが6ノードで合計96CPU コア
この例は、大型ゲノムをアセンブリして、1週間くらい待てるお客さん向けです。

でも、
Falconも入っているし、この環境を作ってからなら、Falcon Unzipもうまく動くようになったという報告もあるので、うまく動かないで困っているひとは先にSMRT Link 4.0をいれてみることをお勧めします。

まずは資料やらチュートリアルビデオやらを見てくださいね！