とりあえず装置について

最近特に寒いですね。

うちの近所の雪がまだ融けません。　もう1週間近く経つのに。

今日は、PacBio RSの装置について書きます。



左の少し小さい黒い箱が、Blade Centerという名のサーバーです。
ここではシーケンサーからでてきたデータの一次解析を行います。
一次解析については別の日に詳しく書きます。
実際は、このBlade Centerと隣のシーケンサーはLANケーブルでつながれています。
そしてシーケンスデータは、Blade Centerからユーザの用意した二次解析用サーバーに転送されます。

このBlade Centerは、ユーザは直接触ることはできません。
PacBioの人間か、私たちDistributorの人間が、機械の調整を行ったり、ログを取ったり、通信試験をしたりするときにPCをつなげることはあります。
ちなみにこのBlade Centerは、アメリカのPac本社から遠隔で操作することができます。　何か不具合があったときの原因究明のため、ログだけは取れるようになっているのです。（ユーザの協力が必要）


シーケンサー本体の、上のタッチパネルはRS Touchという操作画面です。
ランを設定するときに使います。　
ランが動いているときは、あとどれだけ時間がかかるか、という情報が、SMRT Cellの蛍光のきれいなネオンと共にが表示されます。

シーケンサー下の左から順に、Wasteボックス、試薬・サンプルローダー、SMRT Cell・チップローダー、水タンク、があります。

試薬プレートとサンプルを格納する引出し、SMRT Cellとチップ（Tip）をのせる引出し、はボタンを押すと厳かに開閉されます。
たまに、ちゃんと閉じないでランプが点滅していることがあるそうなので、そういうときは再度閉めましょう。
この試薬プレートやチップは純正品を使います。代替品では収まりません。
全ては専用のキットを用いるのです。

PacBioのYouTubeより

Wasteボックスには使用した後のSMRT Cellが捨てられます。
このボックスは閉めるときに真ん中あたりを押してしっかり閉めましょう。

水タンクは適度な湿気を維持するために必要です。
ボタンを押すと扉が開いて、中に1リットルのペットボトルみたいな容器があり、そこに水が入っています。
個人的には、ここを開け閉めする扉のスピードが好きです。
スターウオーズに出てくる宇宙船内の扉を連想させます。　エンジニアのこだわりでしょうか？

と、まあ、ユーザーが目にする場所の装置の説明でした。

今後は、

1. PacBioはどんな研究に用いられるべきか
2. 論文ではどのように使用されているか
3. ライブラリーはどうやって作るか
4. IT関連はどれくらいのスペックが必要か
5. 一次解析はどうやって行われるか
6. PacBioに付属する解析ソフトウェアにはどんなものがあるか
7. PacBioデータを扱える他のソフトウェアにはどんなものがあるか
8. その他苦労話（これは書けないか!?）

ということを中心に紹介していこうと思います。（順不同になりますが）

スクリーンショットは主に、PacBio社のサイトやYouTube、プレゼンテーションから引用します。
当たり前ですがConfidentialなものは一切ありませんので、ご安心ください。