以前のコメント

以前のMovieってという記事にて、コメントがありました。　ありがとうございます。
気づくの遅すぎですね。　すみません。　今度からコメントもチェックしようっと。


①何故1度の撮影でZMWは75,000ウェルしか観測できないのか、照明系かCMOSサイズの問題だろうか。
A:　なぜでしょうね。　もっと大きなSMRT CELLをつくればいいのに。　
そういう仕様だと聞いて今まで納得していました。　
カメラサイズの問題だと思いますが、今度Pacのエンジニアに聞いてみます。

②ポリメラーゼの合成速度について、ポリメラーゼ改変体を使っているとのことだが、ポリメラーゼの基質として蛍光ラベルdNTPを使っているため、通常のdNTPより合成速度が遅くなると思うだが、その速度への影響はどの程度なのか、また蛍光ラベルdNTPを用いたことによってDNA合成の正確性は変化するのか。
A:　蛍光ラベルdNTPも確かに速度に影響しますが、私が聞いた説明ですと、カメラの性能が追い付いていないため、わざとポリメラーゼを遅くしている、ということでした。　ここも確認が必要ですね。
蛍光dNTPがDNA合成の正確性に影響を及ぼすか、というのは特に聞いていません。　ゼロではないでしょうが。

一つ前の記事について
③下記表現について
>「ポリメラーゼによって合成される1本のリードに含まれる塩基が、平均して85%は正しく読まれる」　
この15%の高いミスリーディングは何に由来するものか、また欠失・重複等はどの程度含まれるのか。
A:　Hybrid Assemblyの記事　にも書きましたが、挿入エラーが多いのがPacの特徴です。　パルスデータがはっきりと正しい数の塩基に変換されないのでしょう。　
どこに原因があるのか、ムービーからトレースデータに変わるところでそもそもエラーが起きるのか？　
トレースデータからパルスデータに変わるときにエラーが起きるのか？
何か特定の配列が読みづらいのか？
これは私も前から興味を持っていたのでいつか書きます。　

④
>確率的には1/3の割合（厳密にはポアソン分布）で、正しく合成が行われる状態のZMWができるわけです。
場合の数が3通りあるだけで、その３通りが等確率とは限らないと思うだが、この値は理論値か、それとも実験値か。
A:　理論値です。　仰る通り、実験すると33%よりずっと低い値になることもあります。　

今日はもう遅いので。ここまで。