New Chemistry ! - C2 とは

PacBioのシーケンスアプリケーションについて報告です！

現在、インストールしているシーケンサーは、C2という新しいバージョンです。
これからインストールされるものは全て、C2バージョンになります。
世界的にも、すべてのマシンが次々にアップグレードされていく計画です。

今までのC1バージョンとどこが変わったのかというと、

1. より長く読める（10Kb のライブラリーを読むことができる）
2. より多く読める（ZMWの穴に1つちゃんと入る「DNA‐ポリメラーゼ」が多くなった）
3. 解析ソフトウェアがちょっと良くなった
4. ソフト上でデータのグループ管理ができるようになった

ポリメラーゼ酵素がより安定するように改善されましたので、より長く、より安定して読めるようになったのです。
それに伴って、今までStrobeという、長いライブラリーを飛び飛びに読むプロトコールが無くなりました。　
ショートリードでいう、メイトペア、のかわりにStrobeがあったのですが、もうそのまま10キロ読んじゃえ！ってことでこれは無くなったのです。
実際どれくらい長く読めるのか？　というのが気になるところでしょう。
10Kbのライブラリーを作って読んでも、すべてのリードが10Kbというわけではありません。
平均は数Kb、何割かが10Kbいくかどうか。
正確な数値を伏せているのはまだオフィシャルになっていないかもしれないので。
近くお知らせします。

解析ソフトについては、細かい機能がちょこちょこアップデートしたり、バグが直ったりと、いまいち地味ですが、使い勝手はいいと思います。
各セルごとに、塩基ごとのシグナル:ノイズ比がわかるようになりました。
使ったことはまだありませんが、GATKとのインテグレーションができるようになったそうです。

もう少ししたら、カタログもプレゼンも、すべてC2用に変わります。
今までC1で覚えたことが、C2ではいろいろ変わっていて大変ですが、すぐ慣れるでしょう。

そんなところで、明日も頑張ります。