Menlo Parkにて

久々の投稿です。
ちょっと最近、忙しくて書く暇が見つからなかった・・・。　
ネタはいっぱいあるんですけれど。

そういえば先週、Menlo Parkへ行ってきました。

カリフォルニア州のベイエリアのほとり、ちょうどFacebookの本社があるすぐそばに、PacBioの会社はあります。
社員およそ300人。
開発に携わるグループは、分子生物学、光学、計算科学、など各分野からの天才がそろっています。
R&Dセクションでは、常に新しい酵素のテストが繰り返され、今まで数千を超える酵素がランされたそうです。
工場では、パーツごとに外注で作られた部品が、慎重に組み立てられていました。

私が行ったところは、主にバイオインフォのセクションと、R&D、それにITシステムのセクションです。
ポリメラーゼの開発は、特に興味深いものでした。　
Publicには書けないのが残念です。

Pacには、フィールド・アプリケーション・スペシャリスト（別名FAS）という仕事があります。
私も、実際、Pacの分け方ではFASの一部で、FASのバイオインフォ担当、ということになるそうです。
そんなこんなで、全米各地から20～30人のFASが集まるトレーニングに参加してきました。

日本ではまだPacのシーケンサーが入ったばかりなので、正直言って、どんなサポートが必要なのか、未知のことが多いです。
アメリカではもう1年以上経験があるので、ユーザーがどんな質問をするのか、どんな要求をするのか、そこは参考になりました。

IT、ソフトウェアに関しては、私も前職で経験がありますが、改良すればバグがつきものです。
バグは見つけたら直す、ということの繰り返しです。
なので、私は最近、バグを見つけることにやりがいを感じています。
幸い致命的なバグは見つかっていませんが。

バイオインフォ関係は、以前もちょこっと書きましたが、アセンブリにCelera Assembler　を使うことができます。
Celeraをやってた技術者がそのままPacに転職してきたから、使うのに慣れていた、ということもありますが、ロングリードはCeleraが向いているそうです。
そのほか、マッピングやアセンブラは、まだまだ開発の余地が残っています。
開発というよりも、既存のマッパーやアセンブラーを使うか、少し改良して使う方が、精度を上げることができるように感じました。
実際、BWAでもちゃんとマッピングできます。
CLCでもできるかな？

さてさて、Menlo Parkというところは、Facebook効果もあってか、最近物価が上がってきているそうです。　
ミリオネア（つまり大金持ち）がたくさん引っ越してきているそうです。
近隣の町のダウンタウンも、いい感じのレストランが多くありました。
そして、ホームレスがいない。
ちょっと先のサンフランシスコとは大違いです。

Facebook本社前の「いいね」看板