共生菌ゲノムの論文、日韓ほぼ同時Published

先週の木曜日、品川の京都大学東京オフィスにて、「NGS現場の会・第三回研究会」のスポンサー企業ミーティングがあり、行ってきました。
現場の会の集まりだから、わざと、アロハシャツ着て行ったら案の定、司会の渡辺さんにいじられましたよ。
久しぶりに会ったひとも何人かいて、懇親会の後も飲みに行ったり。
みんなで現場の会を盛り上げていきましょう！



さて、今月、アジアから2本、PacBioユーザの論文がPublishされました！
1つは日本、1つは韓国です。

• 日本：Shibata TF et al., Complete Genome Sequence of Burkholderia sp. Strain RPE64, Bacterial Symbiont of the Bean Bug Riptortus pedestris. Genome Announc. 1(4):e00441-13.
• 韓国：Seung Chul Shin et al., Advantages of Single-Molecule Real-Time Sequencing in High-GC Content Genome. PLoS ONE 8(7): e68824 

ホソヘリカメムシの共生菌、Burkholderia sp. strain RPE64のゲノムサイズは6.96Mbで、3つの環状染色体と3つのプラズミドから成るそうです。　
HiSeq2000で何種類かのペアエンドライブラリを読み、PacBioで6kbライブラリを読み、Allpaths-LGでハイブリッドアセンブリしています。

 こちらは南極圏に住む地衣類の一種、Cladonia borealisの共生菌、Streptomyces sp. PAMC 26508のゲノムを読みました。
PacBioは8kbライブラリをロングリード用に、1.5kbライブラリをCCS用に読み、そのほか300bpペアエンドをIllumina HiSeq2000で、7kbペアエンドをGS-FLXで、読んでいます。
pacBioToCAを使ったエラーコレクションの後で、Celera Assemblyしています。
エラー補正に使うリードの種類で、どれだけアセンブリの成果が変わるか、見るとへえー、って感じです。　



ところで、「NGS現場の会・第三回研究会」で、ぜひ、注目してほしい企画があります！
その名も、「DeNovoの達人」

 

同じサンプルを、PacBio、GS Junior、MiSeq、PGMで阪大微研さんで読んで頂きました。　これを、東大、慶応大、OISTのエキスパートがアセンブルに挑戦する！という企画。

このポスター好きです。作ったひとセンス良い！