「NGS現場の会」が終わって 反省（マイクの音量・声が小さかった？）

みなさんも参加されましたでしょうか？
9月4日、5日の「NGS現場の会・第三回研究会」 in 神戸

私は3日の夜に入り、いつものことながらプレゼンの練習と最終確認を深夜2時までやっていました。
ちなみに泊まったホテルは「ヴィラフォンテーヌ」という、名前は発音しずらいけれど6000円前後ですごく良い部屋＆朝食が付いてくる！（http://www.hvf.jp/sannomiya/）　三ノ宮ではここおすすめ

さて、4日はいろんな発表聞いて、たくさんの方と話して、懇親会後も大勢で飲みに行って、と、現場の人間の集まりにふさわしい一日でした。
私の発表は次の日。　もちろん早起きできるはずもなく、しかし9時55分からの発表なので9時20分ごろには会場入りしました。

あとで知ったのですが、8時からのモーニングセッション「いまさら聞けない　NGS超！入門」（株式会社ジナリス竹田　綾 さん）にて、このブログを紹介してくださったそうです。　ありがとう！！

私の発表は、ギャグも受けて良かった良かった。　ロードマップの話はみなさん驚いていたようで。
そしてフリーシークエンスキャンペーンの発表！　<--こちら詳しくは現場の会のメーリングリストに流した後、本ブログでも紹介する予定です。
ちなみに私の話の内容は、こんな感じ
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PacBioシークエンサーの基礎・特徴

PacBio Q&A
メチレーション検出の現状
サンプルプレップの全体像
塩基の損傷がシークエンスに与える影響

最近の注目トピックス
パンドラウイルスのゲノム解読
100K ゲノムプロジェクト
大型ゲノムアセンブリ
全長16Sシークエンス
全長HLAシークエンス

最後に

 ロードマップとキャンペーンの紹介

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聞き逃した方もいらっしゃると思いますので、内容についてはこのブログでも書こうと思います。　
まず最初に、現在のスループットで、これだけ良い結果が出るという例を紹介します。

 これは私たちが6月に、大腸菌のゲノムで20kbのライブラリを作り、それをBlue Pippin(TM)でサイズセレクションし、1セルで読んだ時のデータです。
100bp以上でフィルタリングすると平均リード長が6,149 bp
参照配列(K12-MG1655)にマッピングした時のサブリード平均長が4,968 bp
できたコンセンサスと、リファレンスとの一致は99.9967%
その時のカバレッジは86.99

このデータで示される通り、精度は高い！　99.9967%はすごいと思います。

さらに、このリードだけ（1 SMRT Cell だけのデータ）でアセンブルして、見事1本のContigができ、これの参照配列とのドットプロットはご覧の通りです。　ほとんど一緒！


私の発表の後、同じ会場で、「DeNovoの達人」という企画がありました。
これはもう、すごい！の一言。
阪大微研さんで、MiSeq、Ion Torrent、GS Jr、PacBioを使用して、同じゲノムを読んでもらい、そのデータを使って、3名の達人たちにアセンブリ解析してもらった結果を公開するという企画です。
皆さん、得意な分野で工夫して解析していました。
この企画、ツイートOKだったかどうか忘れたので、詳細は書きませんが、結論だけ言うとPacBioの大勝利でした！　
もちろん、解析して頂いた東大・笠原さん（Master of DeNovo）のおかげです。
ゲノムサイズも数も知らされず、ドライだけで見事、サイズと数を、答えと一致させたのですから。
ロングリードでないと絶対つながらない配列は、ショートリードでいくら読んでもつながらないのです。

この会場、私のPacBio発表の後に、最終的にPacBioの宣伝になった「DeNovoの達人」、があったわけです。
これは偶然です。　本当に偶然です。
私は、「DeNovoの達人」の結果は、前もって知らされていませんでした。　だから結果についてはちょっと心配していたくらいです。


と、2日間、非常に充実していました。　スタッフのみなさん、お疲れ様でした。
神戸はいいところですね。