PacBio診断への夢

メリー・クリスマス！

いかがお過ごしですか？
こんな深夜（2時）ですがハイテンションです！
バイオインフォやってる人には「ついに！」というニュースが飛び込んできました！
もうご存知ですって！？

http://genomeref.blogspot.jp/2013/12/announcing-grch38.html

ヒトゲノム　GRCh38がついにリリースされました！
前回のバージョンが2009年だからもう5年も、大きなバージョンアップはされていなかったわけです。

さてこれで、ヒトゲノム解析やっている人たちは、マッピング用のリファレンス配列を38にするのでしょうね。
何せ5年ぶりの大改訂。1000人ゲノムのデータも参照して今までのv.37からエラーと思しき配列を除いたり、ミトコンドリアゲノム、セントロメアの予測配列なども加わり、質も向上。　らしい。

アノテーションはまだありません。UCSCやNCBIからブラウザで見れるようになるにはまだあと数週間から一月くらいかかるそうです。
解析受託サービスの会社や、ソフトウェアメーカーはきっと新年早々、大忙しになるんでしょうね。
私も前職で経験あるから、わかるー。



さて、話はガラッと変わって、シークエンサーの臨床への応用。
今年はIllumina社がMiSeq Dxという機械をアメリカでリリース。FDA承認の初のNGSとして注目を浴びました。
ボストンのアメリカ人類遺伝学会で、実機を見てきましたが、見た目は普通のMiSeqと同じ。
cystic fibrosis の診断キットを同時にリリース（これがFDA認可）したことで、アメリカではいよいよNGSが臨床の現場で使われ始めたか、という盛り上がりが感じられました。


では、PacBioが診断に使われるとしたら、どんな分野が可能か？
前から注目されていたのが、トリヌクレオチドリピートの疾患です。

Fragile X シンドローム（日本語では、脆弱X症候群）という遺伝性精神疾患があり、これは、FMR1遺伝子にあるCGGリピートの数が原因です。
健常人は、6～46リピートで、200リピートになると正常なタンパク質が作れなくなり、脳の発達に異常をきたすそうです（ウィキペディアより）。

55-200リピートだとpremutationと言われ、発症はしないけれども、保因者ということになるそうです。
最近、そのCGGリピートの中に、AGGというリピートが混じることがわかって、それがあるとその子供が発症する確率が低くなることがわかったそうです。

現在は、CGGリピート配列全体を読むことは、PacBio以外のシークエンサーではできません。
AGGが含まれているのかどうかを知ることも、他のシークエンサーではできません。
そこで、PacBioをうまく診断に使えないか、という試みがUC Davisの Paul Hagerman博士のラボで行われています。
現状の課題は、CGGリピート配列をPCR増幅無しに取ってくる技術を確立すること、です。
http://www.bio-itworld.com/2013/12/18/fragile-expedition.html