SMRT Portal

PacBioのデータ解析ソフトに、SMRT Analysis というものがあります。
コマンドラインツール、ウェブベースのGUIツール、が含まれているパッケージソフトで、何と無償です。
PacBioのユーザー以外でも誰でもここからダウンロードして使えます。
左下のsmrtanalysisというところから、お使いのOSバージョンを確認して落とします。

サーバの必要スペックが結構高くて、基本はクラスターサーバです。
SGEなどのジョブエンジンが動いている必要があります。　
ちなみにSGEは有償/無償のものがありますが、どちらでも動きます。

基本クラスターサーバと言ったのは、動かすだけなら、時間かかっても良いなら、マルチコアでメモリーたくさん積んだシングルノードのサーバでも十分だから。
でも、PacBioはお勧めしてません。

データ量が年々倍々に増えていくので、必要最低スペックでサーバを購入してしまうと、後で増設しないといけない。
当たり前かもしれませんが、私も実感しています。

ウェブGUIベースのSMRT Portal の使い方を説明した、いーいビデオがあります。
こちら

バージョンはちょっと前だけど、アセンブラ（HGAp）とBaseMod（塩基修飾）のやり方が、紹介されています。
クリック、クリックで簡単操作～！

基本の画面は、2年間あまり変わっていません。
およそ4半期ごとに行われるバージョンアップで、解析機能メニューが増えたり、減ったりはします。
次のバージョンアップでは、以下の機能追加を予定しています！

1. cDNAの解析：　アイソフォームごとにサブリードをクラスタリングして、ゲノムにマッピング
2. ロングアンプリコン：　キメラ配列がある場合のフィルタリング機能追加
3. マイナーアレル変異検出：　CCSで１%程度のマイナー変異を検出

これは予定ですよ。
確定ではありませんので。

しかしこれらの解析は、実験系も同時にアップデートしないといけない。
完全cDNAのシークエンスは、今後、Iso-Seqと呼びます。
Isoform Sequenceの略です。　これについてはまた別の機会に書きます。


SMRT Analysis、インストールやアップデートは、結構ハードルがあったり面倒くさかったりするんですが、解析機能そのものは私は好きです。
余分な機能が付いていない、シンプルなところが好きなのかもしれない。
GUIはデザインも良いと思いますね。