PAG Asia 2014

PAG (Plant and Animal Genome) Asia 2014 (http://intlpagasia.org/2014/) がここシンガポールで開催されています。
シンガポールは、わかっていたけど、暑い！！！
湿度が半端無いです。
会場はGRAND COPTHORNE WATERFRONT HOTELというところで、ちょっとわかりづらい３Fに、展示ブースとポスター会場、そしてセッション会場があります。

私はPacBioのT-shirtを着て展示員の手伝いをしていますが、正直、このMeetingは国際学会にしては小さいですね。
200人かそれくらいでしょうか。
ランチタイムに全員が出てきて、展示ブースの前に並んだビュッフェ形式の食事を取るのですが、その数を見ても200人もいないかなあ、という感じ。

ま、それだけ密度の高い学会といえばそうですが。

本日、PacBioのワークショップセミナーがありました。
まずは、Dr. Steve TurnerによるこれまでのPacBioの概略と今年も目玉論文の紹介

続いて、Temasek Life Sciences LaboratoryのDr. Shubha Vij,による、700Mb程度のデノボアセンブリ
これは700Mbですが、Medium sizeゲノムと呼んでいました。　Asian Seabass（ブラックバスみたいな魚）のゲノムアセンブリです。
イルミナHiSeqで80ｘ、Sangerで１ｘ読んでもつながらないところはいくら読んでもつながらない。
そこでPacBioの登場なわけです。　
最初は11セル読んで（当時のケミストリーで）平均Read長が2kbでボツ、その次は4kb出たので77セル読んでショートリードとHybrid Assembly、まあまあ使える。
ショートだけでアセンブリしたContigを、EC Toolを使用しPacBioリードをエラー補正したり、最後は20ｋｂライブラリを作製しP5C3で100セルも読んで、平均８ｋｂのリードでゲノムの60ｘのデータを出力！
これでHGAPアセンブルし、Contig数が5000、N50 が１Mb という結果を出したそうです。
すごい努力と根気、そして予算！
あっぱれでした。

そのあとは我らが友人、Mount SainiのDr. Robert Sebra
先週の金曜、東京でも話してくれた内容です。　ヒトのシークエンスの話でしたので、PAGにはちょっと客層が違うかなーと思っていましたが、心配ご無用。
Robertの話の内容については、別のドキュメントにまとめていますので、出来次第紹介します。
マーケティングの材料に使わせて頂きました。ありがとうBobby！

最後はBaylor College of Medicineの Dr. Kim Worley
さすが天下のBaylorだけあって、年間何と4,000セルをランしているとのこと！
対象生物はバクテリアから真核生物、昆虫、哺乳類、霊長類、とにかくいろんな生物を読んでいます。
彼らの開発したツールといえば、PB Jelly
PacBioのロングリードを使って、ScaffoldのNNNNを埋める、Gap Fillingツールです。
後に、Scaffoldそのものを行う、PB Jelly 2が作られたのは記憶に新しいところ。
ちなみに、PB Jelly2には、やはり最低10x程度のPacBioデータが必要らしいです。
推定ゲノムサイズ300Mbなら、10倍の3Gbのロングリードは必要ということです。
今なら、P5C3で10セルも読めばこれくらいはいきます。
また、できたScaffoldに対してもう一度同じデータを使って再度Scaffoldを作って（これをIterationと言う）いました。　これを2、3回は行っていました。

次回作は、Structural Variation Identification and Assembly QC を行う、PB Honey
ネーミングが良いですね。
PB Honeyについては、さらっと触れた程度ですが、木曜・金曜の、PacBio User Group Meetingで話してくれるそうです。　楽しみ！