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| VectorBase Aag2 |
ジカウイルスやデングウイルスなどの宿主といえば？ 答え Aedes aegypti
これを聞いて「ネッタイシマカ」とわかるあなたは、専門家です！
この Aedes aegypti 株のゲノム配列のアップデート版が、先日公開されました。
UC San Francisco とPacBioの共同で、この株Aag2を、~58xショットガンシークエンスし、Falconでアセンブリ（これはFalcon 開発者のDr. Jason Chinが、先月自慢げに話してくれたのを覚えています。彼はとってもいい奴です） 。
アセンブリの後は、Quiverを使って生リードを再度Contigにマッピングして、精度を高めたコンセンサス配列を作った。
アセンブルの結果は 3,752本のContig、トータルで 1.72 Gb
Contig N50 = 1.42 Mb
染色体のサイズはBroad Institute とTIGRのグループが別の株でアセンブリした、Liverpoolアセンブリより、400Mb以上も大きかった模様で、これはAag2株の、mini-chromosome の獲得によるものかも知れない、と書いてあります。
私はむしろ、株によって400Mb もゲノムサイズが違うということに驚いているのですが、その理由がmini-chromosomeの獲得、というのにも驚いています。
昆虫の世界、あるいは細胞株の世界では、400Mbぶんものゲノムがmini-chromosome
によってホストに獲得されることって、普通にあることなんでしょうか？
植物ではよくあることかもしれませんが、昆虫でも？
もし本当なら驚きです。
データが公開されたことで、この400Mbがどこから来たものかが、そのうちはっきりされるでしょう。 楽しみです。
（このニュースは、PacBioブログでも書かれています）
mini-chromosomeとは、もともとの染色体から、Origin of Replication、Centromeres、Telomeres、それと遺伝情報の一部、がセットになって分離したもの。
それ自体が染色体のように、細胞内で他の染色体と一緒に分裂して増えていくもの。
です。
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