Iso-Seq アイソフォームシークエンスアップデート 植物

早いものでもう7月！
あー、もう今年も後半戦になっちゃったー。
7月が終われば夏休みの8月、それが終われば超忙しい学会シーズンの9月、10月。
11月になったらもう分生で、あっという間に12月で師走。
何でしょうね、歳を取ると月日が経つのが早く感じるって言いますね。


さて、アイソフォームシークエンス（Iso-Seq）で最近Nature Communicationから論文が出ました。
Iso-Seqといえば、PacBioのロングリードが活かせるアプリケーションのひとつ、完全長cDNAシークエンスです。
これは前にもいろいろ書きましたが、いわゆるAlternative Splicingを含むmRNAの構造変異が、連続配列として観測できる実験方法です。

これはとうもろこし
論文リンクはこちら

」

そしてこれはソルガムキビ
論文リンクはこちら

どちらも植物ですね。

とうもろこしの方は、6種類の組織から読まれた111,151種類のRNA転写産物のうち、57%はこれまで知られていなかったらしいです！！
とうもろこしといえばアメリカの主要な農作物。
もうとっくに研究し尽くされていて当然と思っていましたが、そうではなかったんですね。

ソルガムキビ、私もよく知らない植物ですが、この論文のすごいのは、彼ら独自で解析パイプラインを作ったこと。
Transcriptome Analysis Pipeline for Isoform Sequencing（TAPIS）というツールは、リファレンス配列にクオリティをパスしたCCSをGMAPでマッピングした後、リファレンス配列を使ってエラーコレクションをするらしいです。

ソルガムキビの論文より引用

これは新たな方法ですね。

9月24日（土）、鳥取大学にて、育種学会があります。
私はその中のセッションにて、Iso-Seqについて話す予定です。
このように新たな論文が次々に出てくるのはうれしいですね。フォローアップをちゃんとしなきゃ。

その他、Iso-Seqの論文をまとめたサイトはこちらにあります！
Pacの社員、リーズさん（かわいい台湾出身の女性インフォマティシャン）がまとめてくれました。
参考になると思います。