Dovetail Genomics ユーザーミーテイング報告 その 4 今日は昆虫

Dovetailユーザーミーティングレポートも今回が最後です。
今日は昆虫

昆虫は地球上でもっとも繁栄した種だと思います。
私は子供の頃は昆虫少年で、よく近所の神社や畑で虫を取ったりしていたので虫は全然平気なのですが、今の子は小さい虫でも怖がりますね。
セミやカナブンも怖がるので残念無念。

さてさて、ゲノムが読まれている昆虫は、何らかの形で人間と関わりが深いものです。
産業的には害虫や益虫のゲノムが良く読まれ、医学的には危険な病気の宿主も読まれていると思います。外来種や環境に大きな影響を与えている虫もそうかな。

そんな中、害虫として読まれている例として、Rhyzopertha dominica　がありました。
和名はコナナガシンクイムシ。この甲虫は貯穀害虫と言われていて、収穫後の穀物を食べる害虫だそうです。
アメリカではこの害虫を除去するために、収穫後にも大量の農薬を撒いていて、この農薬の量は半端ないそうですよ。
できるだけ農薬量を減らすために、この害虫の性質をゲノムから明らかにしようというニーズはあるそうです。
こういうところはアメリカのアグリ系・農薬系巨大企業がいかにもやっていそうですね。

ただ、一般的に昆虫はリピートが多いそうです。
PacBioで読んでCanuでアセンブリして、MiSeqなども加えてスキャフォルディングしたあと、Chicagoデータを加えて一気につなぐということをしていました。

もう一つはピュアサイエンスから。
100x100プロジェクト、って知っていますか？
私も初めて聞いたのですが、スタンフォード大学で進めている、ショウジョウバエ100系統を、1系統につき100匹ごと、ゲノムを読むという計画です。
すでにパイロット的に10～20系統くらい、PacBioとONTで読んでいるそうな。
ググっても出てこないのでもしかしたらまだ公開されていないアレかもしれません。
でも拡散OKの発表だったので、書きました。

さてさて、日本でもDovetail関係の問い合わせが最近増えてきました。
植物、哺乳類、昆虫、魚類、微生物・・・
もう少ししたら、公開できる結果が日本からも次々出てきますよ。
ゲノムアセンブリはまだまだ成長が期待される市場です、って実感したユーザーミーティングでした！