リード長とインサート長の関係

先週の「現場の会」で私の喋りの後の質問の中で、ひとつ、深く考えさせられるものがありました。
「リード長を伸ばすために常に酵素を開発しているということだが、酵素をより良いものに変えるのと、インサートの長さと、どちらがクリティカルな問題なのか？」

つまり、酵素を良くすれば長いリードが読める。90分どころか120分、240分レーザー当てても死なないで塩基を読める酵素も出てくるかもしれない。
しかし、一方で、インサートの長さを今の10kbから20kb、30kbと伸ばしていって、これがちゃんと読めるようになるのか？
このせまい小さなZMWの穴に入ることができるのか？

化学的な条件と、物理的な条件と、どちらがよりクリティカルなのか？　ということですね。

今のC2ケミストリーでは、10kbまでのインサートを読むことができて、90分Movieで読んだとき、リード長は平均3.5kb、95パーセンタイルでは8kb、最長は15kbくらい、ロングリードでの精度は約85%です。

-----------------ここから先は仮定の話を前提にしていますので注意！--------------------

これが将来、もし、30kbまで読めるようになったとしましょう。　
でも、30kbまで読める、ということと、30kbのインサートが読める、ということは別ですね。
10kbのインサートを1周半（sense + antisense + sense）読めば30kbですから、30kb読める、ということにウソは無いですね。うん、正しい。
でもちゃんと説明しないと、普通、「すごい！それって30kbのインサートが読めるってことでしょ？」って誤解するでしょうね。　うんうん。
（そのときもっと長いインサートも読めたら最高ですが）

で、30kbのインサートを読めるか？ってことになると、今度は物理的な問題ですね。　ZMWの穴の中に効率的に入らなければいけませんから。
短いインサートの方がZMWに入りやすいってことは知られていますので、マグネットビーズでロングの（今は10kbですが）ライブラリーを効率的にZMWに誘導する方法は、開発されています。　学会のポスターでも発表されていますのでご存じの方もいるでしょう。



・・・・・　と、ここまでぎりぎり公開OKな話でした。

リード長が伸びたとしても、それは読める範囲（インサート長）が伸びた、ということとイコールではないので、誰かに説明するときはこれから注意します。
初めて聞いたひとは絶対誤解すると思いますから。

このブログを読んだあなたは、もう間違えませんよね。




これは私が「現場の会」で喋った、という証拠写真（現場の会・アルバムより拝借）