プラズミドが先か、耐性が先か

先日、ひさしぶりに新宿歌舞伎町で行ってきた。
さすがは日本一の繁華街！　
街頭スピーカーから聞こえてくる内容は、
「路上で声をかけられて、ついて行ったら、必ずボッタクラレます」
と、何とも過激なアナウンス！

もちろん我々は安全な居酒屋（樽一；食べログ）に行きました。
ここは旨かった！　
店員がいい感じ


さて、今日はPacBioのロングリードが医学関連研究に使われていた例をひとつ

Beatson et al., Science. 345, 1454-1455 (2014).

細胞壁のある病原菌に対して、ペプチドクリカン構築を阻害することで、殺菌作用を示す抗生物質があります。
このひとつ、カルバペネム系抗生物質に対して、耐性を持つ病原菌のゲノムをPacBioで読んで、プラズミドが大事な働きをしているかもしれない、とわかったのがこの論文。

S. Conlan et al., Sci. Transl. Med. 254, 254ra126 (2014).

Conlan氏らは、1000人以上の肺炎患者さんからカルバペネム系抗生物質耐性の肺炎桿菌を調べ、bla-KPCという、カルバペネム系抗生物質を加水分解してしまう遺伝子が含まれるプラズミドを、PacBioを使って配列解析した。

患者さんや病院のシンクなどから採取した病原菌から、63種類のプラズミド配列がコンプリートされ、今までのショートリードではわからなかった、ゲノムの複雑性が明らかになったそうな。
同じbla-KPCを持つプラズミドがあると同じような耐性を示す。
ISEｃｐ１というモバイル遺伝子は、ゲノムに入ると抗生物質耐性遺伝子を複数コピーしてしまう。

バクテリアのゲノムは、プラズミド遺伝子によって大きく影響を受けるんですね。
一種の共生関係。
バクテリアがプラズミドを利用しているのか、プラズミドがバクテリアを利用しているのか
しかし、抗生物質の耐性がプラズミドの遺伝子によるならば、医学が戦う相手はプラズミドなのかもしれない、そんな風に思ったりもします。