Oxford Nanopore 騒動続く

先日のOxford Nanoporeの書き込みの中、会社の略語は、ONTでした。
間違ってONPと書いていたので修正しました。

さて、このMikheyev氏の論文発表、予想通り賛否両論出てきました。
Twitterやブログではかなり盛り上がっています。

まず、Mikheyev氏の今回の行動（MinION Access Programのデータを論文公開したこと）に対する批判がこちら

曰く、MAPは、共同研究の類であり、両者の信頼関係が大事
曰く、Mikheyev氏は、MinIONを手にしてたまたま悪いデータを取得した。それだけの話。論文にするレベルの仕事ではない
曰く、読むほうも時間の無駄

とまあ、ケチョンケチョンにけなしています。　さすが自由の国！　でもちょっと大人気無い。


今までナノポアのデータが全く世にオープンになっていなかった中、結果は悪いながらも公開に踏み切ったMikheyev氏の勇気ある行為は、それはそれでサイエンスにとって良いことだと思うのですが。
これには反対の意見もあるでしょうね。

勿論、たまたま、Mikheyev氏のMinIONが不良品だった可能性もあります。

それならONT社は交換に応じれば良い。

同じサンプルを正規品でもう一回読んで、反論すれば良いだけの話、ではないでしょうかね。

で、Mikheyev氏擁護派はこちら

長文の記事ですが、ぜひ英語で読んで欲しい

ONTに関する誤解、誤報、などがまとめられています。

Mikheyev氏のとった行動は決して悪くはない！　悪いのはどっちだ！

とまあ、アンチONT的な主張。

ここで、

Myth 4. “ONT error rate ? better than pacbio but worse than Illumina.”

といのがやはり気になりますね。

PacBioよりも精度が良いって？

そんな例はまだ見たことが無い。　あるなら是非、見せて欲しい。

PacBioより精度が良いかどうかは別として、カバレッジを増やせば、それなりに精度の良いコンセンサス、アセンブリは取得できると思います。　どのシークエンサーも、カバレッジを重ねて、精度を担保していますから。

もし、Mikheyev氏が発表したデータが、とても素晴らしいデータだったら、ONT社は、彼がデータを公開したことについて批判したでしょうかね。

もし、仮にONTの結果がすごく良いデータだったとしても、私もこのブログで紹介していたと思います。　ええ。　本当に。　しつこい？

PacBioにとって脅威になるかもしれませんが、それはそれとして。

そしたらブログの名前変えようかな？　（冗談）