AGBTのビデオと最近の報告

お待たせしました！
私も含め、AGBTに行かれなかった方、
そして深夜2時からのライブストリームを見ていて、途中睡魔に襲われてあきらめた方、
PacBioのワークショップの模様が、YouTubeにアップされています！
こちらからどうぞ

2時間ありますからね。
結構内容リッチですよ！

前にも少し書きましたが、PacBioだけでヒトゲノムを読んだ話が出てきます。
司会をやっている赤いポロシャツのおじさんが、PacBioのCEO、Michael Hunkapille氏です。

2時間ありますが、ドライの方に特にお勧めなのは、Gene Myers氏による、新しいロングリードアライメントのツール、Dalignerの話。
今や、Falconアセンブリの最初に行なわれる、Pre-Assemblyツールです。
まだPacBioとしては、公式にサポート対象にはなっていません。
興味あるひとは是非どうぞお試しください、というようなレベルです。ですが、アライメントが非常に速くなるツールだそうです。
今度別の機会に、Dalingnerについて書きます。


さて、先週は、ゲノム微生物学会@神戸　
金、土、日と3日間、六甲の神戸大学にて行なわれました。
300名余りが参加したとのこと。
講演会場に入りきれない可能性があったので、場外（展示ブースが並んでいるすぐ脇）スクリーンとスピーカーがあって、私たちも聞くことができました。
うん、これは良い計らい。

ランチョンも盛況

こんな様子で190名くらいが参加。
演者を快く引き受けてくれた丸山さん、ありがとう！
おかげで3日目は、PacBioに興味を持った方がたくさんブースにいらっしゃいました。

続く3/9と10は、PacBioのユーザを対象にした、バイオインフォマティクスワークショップ@東京
PacBioからインフォのトレーナーを招いて、2日間のプレゼンベースのトレーニングをしました。
内容はデノボアセンブリ（Falconなど）とIso-Seq

Iso-Seqは、実験のデザインによって、新しいアプリケーションが生まれそうな予感。

今は、全トランスクリプトームを網羅しようとすると、たくさんのSMRT Cellが必要
ターゲットを絞ってIso-Seqしようとすると、プライマーを設計する必要
RNAの量が少ないと、PCRでたくさん増幅する必要
まだまだ、「必要」が多いので、ここをなんとかするニーズがあるはず。

ところで、ワークショップには、韓国のユーザも参加していました。
そのうちの1人は、日本語が堪能な女性だったのですが、なんと、
私のブログを読んでいるというのです！

韓国にもブログの読者がいるとは、ちょっとうれしかった。