IGVでの格好いい見せ方

Integrative Genomics Viewer (IGV) といえば、NGSやっているひとなら一度は聞いたことのある、ゲノムビューワーですね。
フリーで使えてさくっと見るのにはとても便利。
先日、本社とのウェブミーティングで、このIGVを使って、PacBioのデータを格好良く見せる方法を教わりました。
皆さんも知っていると便利なツールだったのでシェアします！

まず、普通にIGV（ここではv.2.3.88）を使ってPacBioのアライメントファイルを開くとこう見えます。

ぜんぜん綺麗じゃない！　
SubreadをアラインしているのでInDelエラーが目立ってるんです。

これをある方法を使うと、このように見ることができます。

とてもすっきりしてますねえ。

これ、Development Snapshot版を使っています。

先ず、バイナリを落としてきます（上図カーソルの場所から）。
Zipを解凍して、中に作られる、igv.batファイルをダブルクリックして起動させます（テスト環境はWindows 7&10）

最初は、これまでIGVで表示していた、デフォルトで、PacBioアライメントが表示されるかもしれません。ここで、View > Preferences　を選択

Alignmentsタブを開き、とりあえず以下のように数字を入れてみて下さい。

特に、

• Label indels > 1：　2塩基以上のindelに表示が出る
• Hide indels < 20：　19塩基以下のindelは表示されない

としてチェックを入れて、OKします。

ちなみに、普通のIGV(v.2.3.88)でも、これに似た画面はありますが、上記オプションはありませんね。

これはv.2.3.88のIGV

さてこれで、先ほどのような綺麗な表示ができるようになりました！

こんな感じに。

しかし例えば、下図のような場所があったとします。

大きなDeletionがある領域です。

そのほかにも、小さなInDelが点在するようですね。

では、Allele Frequencyが小さいものはエラーの可能性が高いので、除くことにします。

例えば、35％以上のアレルだけを残したい、そんな場合は、再び View > Preferences > Alignments から、Coverage allele-fraction threshold: を、0.35としてみる

そうするとこんなにすっきりします！

大きなDeletionがあるところの上流側に、ハプロタイプ（ここでは黄緑のA、リファレンスはT）があるのに気がつきます。

この黄緑色Aを右クリックして、Group alignments by > base at [塩基の場所]　を選択

するとこうなります

大きなDeletionと上流SNV（T -> A）がリンクしているのがわかると思います。

IGVはあくまでビューワーですので、これ自体が解析するソフトではありませんが、データを見せる方法としてはとても使えるツールだと思います。

尚、この機能は、PacBioのプログラマー、Aaronさんによって作られました。

さて、次回は、この例に使用したヒトゲノムデータについてお話ししたいと思います。

多分誰でも使えるデモデータ、のはず。。