植物ゲノムが熱い件（２） ドリアン！

シンガポールの市場をぶらついていると、たまに悪臭が鼻をつくことがあります。
温泉の硫黄の臭いと下水とブルーチーズの臭いのミックスというか、そんな感じの香りを感じたら、犯人はドリアンです！

「果物の王様」
いつか食べてやりたいと思いつつも、あの匂いで食欲がわかないので未だ食べるに至らず・・・。
そういえば、シンガポールの地下鉄には、「No Smoking, No Drinking, No Durian」
って書いてあるんですよ。

そんなドリアン、ドラフトゲノムが読まれました！

シンガポールとマレーシアのチームが、PacBioとDovetailをメインにゲノムを決定！
論文はOPENです

K-mer解析によるとゲノムサイズは約738Mb
153カバレッジのPacBioデータを使ってFalconアセンブリ、そしてFalcon Unzipでポリッシュ。
そのあとDovetailのChicagoライブラリとHi-Cライブラリでスキャフォルディング。
スキャフォルドN50は驚きの22.7Mb！

Bin Tean Teh et al., Nature Gen. 2017

この論文、Falconのパラメータとか、Dovetailサービスを使った場合の論文記載方法とか、その後のDuplicationのチェック方法とか、ゲノムアセンブリをやっているひとには役に立つことがたくさん載っている、と思います。

この論文ではゲノムを読んだあとに、ドリアンの匂いの元、のVolatile sulfur compounds産生に関わる遺伝子の異種間比較解析（コピー数解析）を行っていて、そちらも面白いですよ。

匂い自体は複数の化合物が複雑に合わさってできますが、そのひとつの遺伝子のコピー数がドリアンでは多いらしい。

これを読んだあとはドリアンに挑戦したくなる、

と思ったわけでした。