ファインディング・ニモ

育種学会に来ています。このブース、雑多に見えるかもしれませんが、それは後ろのブースが見えているからですかねー。実際に見ると意外とすっきりしていますよ。
値段を入れたせいか、たくさんのお客さんが足を止めてくれました。

私たちの目の前の企業さんが、ブースに「人工気象器」というものを展示しているのですが、「人工太陽」をデモするたびに、眩しっ！
目の前が眩むっす。　これも育種学会あるある？

さて、学会とは直接関係ありませんが、ファインディング・ニモでおなじみのカクレクマノミのゲノムが読まれました。
Finding Nemo’s Genes: A chromosome-scale reference 1 assembly of the genome of the orange clownfish Amphiprion percula
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/03/08/278267
サウジアラビアとオーストラリアのチームですね。日本人のかたも著者に入っていますね。

彼らは20kbライブラリをPacBio RSIIで6時間、113セル読み、113.8Gb（121カバレッジ）のロングリードを得ました。
Falconアセンブリで最初にエラー補正された58カバレッジのp-readをアセンブリに使い、最終的に1,414本のPolish済みコンティグ（N50=1.86Mb）を得たそうです。
その後はもちろんHi-Cでのスキャフォルド。アセンブリ結果の98%の配列は24本の染色体の中に納まったそうです。
最終アセンブリ配列は908.8Mbで、コンティグN50は3.12Mb、スキャフォルドN50は38.4Mbとのこと。
PacBioとHi-Cの組み合わせはここでも活きていました
魚類の中では、最も長い連続配列を取得したアセンブリ結果のひとつだそうです。

さて、最近論文発表された同属のアセンブリ（NanoporeとIllumina、IlluminaとPacBio）と比較して表をPacBioのマーケが作ってくれたので見てみましょうか。

PacBioのみでアセンブルしたA.percula が最も長いコンティグ/スキャフォルドN50を達成していることがわかるでしょう。