PacBioとのおもひで その５

RSIIアップグレード

NGSに限らず、このような最新装置はアップグレードがあります。試薬やチップも新しいものが常に開発されています。

RSはRSIIになり、それまで一度に読めるウェルの数が倍に（15万に）なり、スループットが2倍になりました。これを機に、アセンブリもPacBioのデータだけで補正するHGAPが開発され、バクテリアサイズのゲノムであれば１セルでコンプリートできるようになります。論文も増えてきてそれによって興味を持つ人も増えて、かつ受託会社さんも導入したおかげで機械が無くても気軽に読むことができるようになりました。

その結果、ユーザーがどんどん増えて、学会などで発表される研究者も増えてきて、それを聞いた他の研究者が自分たちもやってみたくなる。良いサイクルが生まれたわけです。

ちなみにRSからRSIIになった時、読めるウェルの数が倍になったのは光学機器のアップグレードがあった訳ですが、当然ベースコール用の計算機（Blade Center）のアップグレードもありました。さらに細かいところでは装置右側にあった小さな扉が無くなりました。

この扉、中に水が入ったボトルを入れるようになっています。湿度を調整するためだったと思います。で、この扉が開くときに「プシュー」っというカッコいい音がするんです。SF映画・スタートレック（スターウォーズだったかな）に出てくる宇宙船のドアが開くときの音に似せたのです。
私もすごくこの遊び感ある音が気に入っていたのですが、色々あって湿度調整をボトルに頼らない方法に改良されて、RSIIではドア無しモデルになりました。もともとあったRSモデルもRSIIにアップグレードする時にドアは開かなくされました。

RS初期モデル：向かって右側、Waterと書いてあるところに開く音がSF的なドアがあった

基本的には光学系の部品の交換とソフトウェアのバージョンアップのおかげで大量のロングリードを出力することができるようになったのです

RSIIはこの後、バクテリアゲノムを中心として様々なゲノム解析に威力を発揮していきます。ゲノムアセンブリといえばPacBio RSII　と言われていくのです。この時期の盛り上がりはすごかった。