Sequel 新試薬登場でスループット向上！

もうアナウンスされましたが、PacBioのJPMネタは、「Sequelの試薬・ケミストリー・ソフトウェアのバージョンアップによってスループットがすごくUP！」です。

カタログもそれにあわせて改訂されました。ここからダウンロードできます。

6ページ目に注目！

これが今のSequelのスループットだ！！

これはあくまでゲノムアセンブリ用の長ーいライブラリ（例えば60kbとか）を読んだ場合です。サイズセレクションは30kbでしています（つまりライブラリは30kb以上の長さ）。

これを2.0ケミストリーで10時間(!)読んでいます。

セルあたりの出力リード数は365,000本で、うち半分のリードの長さは20kb以上。

この図では出力塩基数が 7.5 Gbです。バラツキはありますが５Gb ～８Gbというところでしょうか。

試薬のバージョンが2.0とか、ソフトウェアのバージョンが4.0とか、実際使っているユーザ以外にはどうでもいい数字だと思いますが、重要な点は、

• 少ない量のライブラリからシークエンスできるようになった
• 長ーいライブラリもローディングできるようになった
• ラン時間が最大10時間までできるようになった
• ベールコールアルゴリズムが改善された　（精度がUp）
• 短いライブラリでのシークエンス結果が改善された

という感じです。

ゲノムアセンブリにはできるだけ長ーいライブラリを作ることが重要です。

一方、構造解析などでは30kbとか40kbとかの長いものを作る必要はなく（もちろん目的によりますが）、10kb程度のライブラリでも十分解析できるのでは？というのが今のところのPacBio社内で一致した意見です。

ヒトゲノムのほとんどの構造変異は、Segmental Duplicationなどを除けば、だいたいは10kb程度に収まるのでは無いか？

もちろんお金とサンプルが潤沢にあれば、長いライブラリを作って読んだほうが、より多くのゲノム構造解析を検出できるでしょう。

でも現実的には、コストと検出感度・精度はトレードオフの関係にあります。

検体数にもよりますしね。

リードが長くなったおかげで、検出できる構造変異の数で見ると、新試薬の方が従来試薬の半分のコストで解析できるそうです。

コスト表を改訂しなきゃ。